Die Stadt Yaxchilán liegt in einer Flussschleife am Rio Usumacinta unweit der Grenze zwischen Mexiko und Guatemala, wird somit an drei Seiten von einem Fluss begrenzt. Die Anlage ist immer noch nur mit dem Boot ereichbar.

Yaxchilán war während der Klassik eine bedeutende Stadt und die dominante Macht in der Region Usumacinta. Die Stadt herrschte über andere kleinere Städte wie Bonampak und war lange Zeit mit Piedras Negras  verbündet und zumindest kurzzeitig auch mit Tikal.